Η Clean Energy ΕΠΕ ιδρύθηκε το 2010 από ερευνητές του ΕΚΕΤΑ / Ινστιτούτο Χημικών Διεργασιών & Ενεργειακών Πόρων (ΙΔΕΠ) , με σκοπό την υποστήριξη του Ινστιτούτου για την περαιτέρω ανάπτυξη, προώθηση και εμπορευματοποίηση των καινοτόμων τεχνολογιών για τη θερμική αξιοποίηση των βιοκαυσίμων. Οι συγκεκριμένες τεχνολογίες έχουν αναπτυχθεί από το ΕΚΕΤΑ / ΙΔΕΠ στα πλαίσια έργων εθνικής και ευρωπαϊκής χρηματοδότησης τα τελευταία είκοσι χρόνια.
Η εταιρεία συνεργάζεται επίσης και με άλλες εταιρείες και ιδρύματα παγκόσμια για την περαιτέρω ανάπτυξη και προώθηση καινοτόμων τεχνολογιών, οι οποίες βρίσκονται στο πρώτο στάδιο εμπορευματοποίησης και έχουν σημαντικές δυνατότητες να γίνουν ιδιαίτερα ανταγωνιστικές στο μέλλον.